Το Κέντρο Ευρωπαϊκών Μελετών και Σπουδών "Ιωάννης Καποδίστριας" ιδρύθηκε το 1994 με πρωτοβουλία του Δρ Κώστα Ζηλεμένου ως Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου, Αστική Εταιρία μη  κερδοσκοπικού χαρακτήρα. Eίναι μη Κυβερνητικός Οργανισμός (MKO) και φέρει ως διακριτικό τίτλο το όνομα "Ιωάννης Καποδίστριας" για να τιμήσει τον πρώτο Κυβερνήτη της Ελλάδας και πρωτοπόρο ευρωπαιστή και οραματιστή της Ευρωπαικής Ιδέας τον 19ο αιώνα.
 
Στόχος του είναι η μελέτη και η διάδοση του ελληνικού & του ευρωπαϊκού πολιτισμού σε όλες τους τις εκφάνσεις. Συνεργάζεται με δημόσια και ιδιωτικά ιδρύματα, ελληνικά και ξένα πανεπιστήμια, ερευνητικά κέντρα και οργανισμούς στην Ελλάδα και το εξωτερικό και λειτουργεί με τρία τμήματα: Ιστορίας & Θεσμών, Έρευνας, Τεχνολογίας & Περιβάλλοντος, Τεχνών & Πολιτισμού.
 
Από την ίδρυση του και μέχρι σήμερα το Κέντρο έχει οργανώσει συνέδρια, ημερίδες και εκπαιδευτικά σεμινάρια και προγράμματα κοινωνικο-ιστορικού περιεχομένου και προσανατολισμού, πολιτισμού, ενεργειακής  ασφάλειας και  προστασίας του περιβάλλοντος, ενώ παράλληλα πραγματοποιεί αναπτυξιακά προγράμματα σε χώρες της Βαλκανικής και την Τουρκία σε συνεργασία με την Διεύθυνση Αναπτυξιακής Συνεργασίας του Υπουργείου Εξωτερικών (ΥΔΑΣ) και την Ευρωπαϊκή Ένωση.

 Ιδρυτική Διακήρυξη (1994) : (περίληψη)
 

     Από τις Αμφικτυονίες ως το Maasticht, οι σχέσεις των ευρωπαϊκών κρατών διήνυσαν πολλούς αιώνες για να ωριμάσουν στη σημερινή μορφή της ευρωπαϊκής ενοποίησης.
     Αν από την επομένη του Β' παγκοσμίου πολέμου ο Churchill, ο Monnet και ο Schumann με την υποστήριξη των Adenauer, De Gasperi και De Gaulle προώθησαν την ευρωπαϊκή ιδέα, ο Ιωάννης Καποδίστριας, μετέπειτα πρώτος Κυβερνήτης της Ελλάδος, είχε ήδη διακριθεί από το πρώτο τέταρτο
του 19ου αιώνα ως ο κορυφαίος ευρωπαϊστής των νεοτέρων χρόνων της ιστορίας.
     Ο Ιωάννης Καποδίστριας προσέφερε στην ευρωπαϊκή ιστορία τη συγκρότηση του επτανησιακού Κράτους, την ανεξαρτησία και την ουδετερότητα
της Ελβετίας, την ομοσπονδιακή  διάρθρωση του γερμανικού εθνους και την αποκατάσταση της ενότητας της Γαλλίας. Σ'αυτό το πολιτειακά και εθνικά θεμελιωμένο σχεδίασμα που βρήκε ανταπόκριση σε συνταγματικές ρυθμίσεις και πολιτικές πρακτικές, ο Ιωάννης Καποδίστριας εξάντλησε όλες τις δυνατότηες για ύφεση και σταδιακό ευρωπαϊκό αφοπλισμό, κατάργηση του δουλεμπορίου, εξάλειψη της πειρατείας, εδραίωση του ευρωπαϊκού συστήματος των ουδέτερων ευρωπαϊκών πολιτειακών ομοσπονδιών, κατάλυση της κλειστής τετραπλής συμμαχίας του 1815, δημόσια καταδίκη της αρχής των επεμβάσεων σε ξένες υποθέσεις, ίδρυση υπερεθνικού ευρωπαϊκού οργανισμού, υιοθέτηση του θεσμού της διαιτησίας ως μέσου επίλυσης των διεθνών διαφορών, θέσπιση συνταγματικών θεσμών για την προάσπιση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων και βαθμιαία ανεξαρτητοποίηση των αποικιών.
     Αυτός ο ευρωπαϊστής, πίστεψε για την πατρίδα του στην ανάγκη άσκησης απομυθοποιημένης πολιτικής εξουσίας από Έλληνες σε μια ιστορική
καμπή συμψηφισμού της απόλυτης μοναρχίας με τις επαναστατικές διακηρύξεις του 1789 που είχε ως αποτέλεσμα την εγκαθίδρυση της περιορισμένης συνταγματικής μοναρχίας.
     Η σύζευξη αυτή του ευρωπαϊστή και του εγγυητή της απομυθοποιημένης άσκησης πολιτικής εξουσίας στο νεογέννητο κράτος των Ελλήνων, αποτελεί
τον άξονα των επιλογών στους σκοπούς του Κέντρου Ευρωπαϊκών Μελετών & Σπουδών «Ιωάννης Καποδίστριας» σε μια τριλογία:
 

ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΣ - ΕΥΡΩΠΗ - ΔΗΜΟΚΡΑΤΙΑ